Los digestatos anaeróbicos derivados de plantas de biogás mesofílicas agrícolas se utilizan principalmente como fertilizantes orgánicos. Sin embargo, los patógenos derivados de animales podrían persistir en los digestatos anaeróbicos (AD) planteando un riesgo epidemiológico. El presente estudio investigó si el almacenamiento de los ADs podría reducir Typhimurium, y portadores de ESBL y si las tasas de reducción dependen de la temperatura y del sustrato. Las suspensiones bacterianas cuantificadas se utilizaron para inocular ADs derivados de cinco plantas de biogás que utilizaban diferentes materiales de entrada para investigar la dependencia del sustrato en la reducción de patógenos. Los ADs se almacenaron durante seis meses con cuatro perfiles de temperatura diferentes, cada uno representando seis meses consecutivos, y, por lo tanto, las cuatro estaciones. Se demostró que la reducción de patógenos durante el almacenamiento dependía fuertemente de la temperatura, pero también del tipo de AD. Esta influencia fue mayor a bajas temperaturas. A temperaturas más altas (perfiles de primavera y verano), se logró una reducción de 5 logaritmos después de doce semanas para Typhimurium, después de veinte semanas para (ESBL) y después de veinticuatro semanas para en todos los ADs, respectivamente. En contraste, a temperaturas más bajas (perfiles de otoño e invierno), se alcanzó una reducción de 5 logaritmos después de veinticuatro semanas para . Typhimurium y no se alcanzó para ESBL- y . En conclusión, almacenar los ADs después del proceso de biogás mejora la calidad higiénica y reduce el riesgo de introducir patógenos al medio ambiente, pero cada caso debe ser evaluado individualmente considerando la composición de los ADs y las temperaturas de almacenamiento.