La agricultura proporciona una amplia gama de servicios ecosistémicos y tiene el potencial de contribuir a la conservación de la biodiversidad. En Japón, muchos de los recursos asociados con los agroecosistemas están amenazados por el abandono de tierras agrícolas. Identificar dónde y en qué medida los servicios ecosistémicos agrícolas y la biodiversidad agrícola se ven afectados por el abandono de tierras agrícolas es esencial para desarrollar estrategias efectivas que contrarresten la posible pérdida de estos servicios y de las comunidades biológicas que los sustentan. Nuestro estudio tuvo como objetivo examinar cómo un conjunto de indicadores para los servicios ecosistémicos y la biodiversidad vinculados a los agroecosistemas (proporciones de tierras dedicadas a la producción de arroz y otras producciones agrícolas, proporción de tierras agrícolas en pendientes que potencialmente proporcionan estética paisajística, proporción de aldeas que promueven el turismo rural, y densidades de bordes forestales y estanques de riego en tierras agrícolas) se distribuyen a nivel municipal en el archipiélago japonés, y analizar sus patrones espaciales en relación con la distribución del abandono de tierras agrícolas. Se hipotetizó que los puntos críticos de los servicios ecosistémicos agrícolas y la biodiversidad agrícola ocurren en áreas en riesgo de abandono de tierras agrícolas debido a factores comunes. El análisis de clúster identificó cuatro tipos distintos de paquetes de servicios ecosistémicos, dos de ellos representando áreas especializadas en la producción agrícola, mientras que los otros dos proporcionaban altos niveles de servicios culturales y hábitats para diversas comunidades biológicas. Estos dos últimos paquetes se ubicaron en áreas montañosas y colinas y representaron el 58% de la producción de arroz, el 27% de otras producciones agrícolas, el 77% de la estética paisajística, el 77% del turismo rural, el 64% de los bordes forestales y el 87% de los estanques de riego en Japón. En apoyo a la hipótesis, el abandono de tierras agrícolas fue pronunciado en estas áreas, con el 64% de los campos recientemente abandonados ubicados donde se encontraba el 44% de la tierra agrícola. Esta superposición espacial sugiere que pueden ocurrir pérdidas sustanciales de servicios ecosistémicos y biodiversidad si los patrones actuales de abandono de tierras agrícolas continúan. Para prevenir pérdidas a gran escala de servicios ecosistémicos agrícolas y biodiversidad agrícola, las medidas para contrarrestar las tendencias de abandono en curso deberían priorizar las áreas montañosas y colinas, y futuros estudios deberían evaluar más a fondo las múltiples funciones de las áreas agrícolas para mejorar las políticas que buscan garantizar el desarrollo sostenible de las áreas rurales en Japón.