El crisantemo es una de las plantas ornamentales más importantes comercialmente a nivel mundial, de las cuales se producen muchas nuevas variedades anualmente. Entre estas nuevas variedades, muchas son el resultado de cruzamientos, mientras que algunas son el resultado de la cría por mutación. Los recientes avances en la tecnología de secuenciación de genes y genomas han elevado las expectativas sobre el uso de la biotecnología y la cría de genomas para criar eficientemente nuevas variedades. Sin embargo, algunas características del crisantemo complican el análisis biológico molecular. Por ejemplo, el crisantemo es una planta hexaploide hiperploidal con un genoma grande, mientras que su genoma es heterogéneo debido a la dificultad de obtener líneas puras por la auto-incompatibilidad. A pesar de estas dificultades, se ha publicado un número creciente de informes sobre el análisis del transcriptoma en crisantemo como resultado de los recientes avances tecnológicos en la secuenciación de genes, lo que debería profundizar nuestra comprensión de las propiedades de estas plantas. En esta revisión, discutimos estudios recientes que utilizan ingeniería genética, edición de genomas y análisis de genomas, incluido el análisis del transcriptoma, para analizar el crisantemo, así como el estado actual y las perspectivas futuras para el crisantemo.