A nivel mundial, el maíz es uno de los cultivos más consumidos junto con el arroz y el trigo. Sin embargo, el maíz es sensible a diferentes factores de estrés abiótico, como la sequía, que tienen un impacto significativo en su producción. Los objetivos de este estudio fueron investigar (1) la variación genética entre 41 líneas inbred de maíz y las relaciones entre ellas y (2) las asociaciones significativas entre marcadores y rasgos (SMTAs) entre 7 rasgos fisicoquímicos seleccionados y 200 marcadores de repeticiones en secuencia simple (SSR) para examinar la genética de estos rasgos. Se identificaron un total de 1023 alelos entre las 41 líneas inbred de maíz utilizando los 200 loci SSR, con un promedio de 5.1 alelos por locus. La frecuencia promedio del alelo mayor, la diversidad genética y el contenido de información de polimorfismo fueron 0.498, 0.627 y 0.579, respectivamente. El análisis de la estructura de la población basado en los 200 loci SSR dividió el germoplasma de maíz en dos grupos principales con un grupo admixto. Además, este estudio identificó, respectivamente, 85 SMTAs y 31 SMTAs utilizando un modelo lineal general (Q GLM) y un modelo lineal mixto (Q + K MLM) con significancia estadística (< 0.05 y