La utilización de germoplasmas de soja silvestre en programas de mejoramiento aumenta la diversidad genética, y contienen los alelos raros de rasgos de interés. Comprender la diversidad genética de los germoplasmas silvestres es esencial para determinar estrategias efectivas que puedan mejorar los rasgos económicos de la soja. Los rasgos indeseables dificultan el cultivo de la soja silvestre. Este estudio tuvo como objetivo construir un subconjunto central de 1467 accesiones de soja silvestre de la población total y analizar su diversidad genética para entender sus variaciones genéticas. Se realizaron estudios de asociación genómica para detectar los loci genéticos subyacentes al tiempo de floración para una colección de subconjunto central, y revelaron la variación alélica en genes para predecir la madurez utilizando los datos de resecuenciación disponibles de la soja silvestre. Basado en análisis de componentes principales y de clúster, 408 accesiones de soja silvestre en la colección central cubrieron la población total y fueron explicadas por 3 clústeres que representan las regiones de colección, a saber, Corea, China y Japón. La mayoría de las colecciones de soja silvestre en este estudio tenían el genotipo de acuerdo con el mapeo de asociación y un análisis de resecuenciación. Las colecciones centrales de soja silvestre de Corea pueden proporcionar recursos genéticos útiles para identificar nuevos genes de floración y madurez cerca de los loci del gen E y materiales genéticos para desarrollar nuevas variedades, facilitando la introgressión de genes de interés de la soja silvestre.