Los agujeros de crioconita en las superficies de los glaciares son una fuente de microorganismos adaptados al frío, pero se sabe poco sobre sus habitantes fúngicos. Aquí, proporcionamos el primer informe de comunidades fúngicas distintivas en agujeros de crioconita en el glaciar Werenskiold en Spitsbergen (archipiélago de Svalbard, Ártico). Debido a una combinación de dos temperaturas de incubación (7 grados C y 24 +/- 0.5 grados C) y dos medios durante la aislamiento (PDA, YPG), así como enfoques de identificación clásica y molecular, pudimos identificar 23 hongos diferentes (21 especies y 2 especies no asignadas). La mayoría de los hongos cultivados a partir de sedimento de crioconita eran micromicetos filamentosos ascomicetos. Sin embargo, también se identificaron cuatro representantes de macromicetos. Algunos de los hongos descritos poseen potencial biotecnológico, por lo que proponemos la región ártica como una fuente de nuevas cepas para aplicaciones industriales. Además, estaban presentes dos representantes fitopatógenos, así como uno potencialmente dañino para los humanos. Hasta donde sabemos, somos los primeros en informar sobre la ocurrencia de estos hongos en regiones polares. Es muy probable que dos especies de hongos no asignadas también puedan ser descritas por primera vez en tales entornos. Además, al experimentar con 10 sitios de muestreo ubicados en diferentes latitudes, pudimos concluir que el número de esporas fúngicas disminuye a medida que se desciende por el glaciar. Considerando la prevalencia y el peligro de los entornos glaciares en todo el mundo, tales hallazgos sugieren su potencial como reservorios de diversidad fúngica, que no deben ser pasados por alto.