Las características genéticas de las especies invasoras tienen un impacto significativo en su capacidad para establecerse y expandirse. La mejillón azul, nativa del mar Mediterráneo, es una de las principales especies invasoras de las costas intermareales en gran parte del mundo. Aquí, utilizamos datos de secuencias de ADN mitocondrial para investigar la diversidad genética y la estructura filogeográfica de las poblaciones invasoras frente a las nativas de mejillones azules en Chile. Evaluamos si la diversidad genética en las poblaciones invasoras podría explicarse por las características genéticas de las fuentes nativas de las que podrían derivarse. Un análisis filogenético confirmó dos linajes de la especie invasora, es decir, los linajes del Atlántico Noroeste y del Mediterráneo. No encontramos evidencia de estructura genética en el rango invasor en Chile, probablemente debido a su llegada reciente. Sin embargo, detectamos una mezcla espacial de ambos linajes en los lugares de muestreo a lo largo de la costa chilena, lo que dio lugar a niveles más altos de diversidad genética en algunas áreas en comparación con la población de mejillones nativos. El área costera de la invasión aún es pequeña en extensión (~100 km a cada lado de dos grandes puertos), lo que apoya la hipótesis de una introducción reciente. La expansión adicional del rango de distribución de la especie puede estar limitada al norte por el aumento de las temperaturas del agua y al sur por una ruptura biogeográfica natural que puede ralentizar o quizás detener su propagación. Por lo tanto, el uso de fronteras internas como herramienta para minimizar o prevenir la propagación es, por lo tanto, una opción de gestión genuina en Chile, pero necesita ser implementada rápidamente.