Los gradientes altitudinales ofrecen poderosos marcos naturales para investigar cómo los factores ambientales moldean la biodiversidad, especialmente en jóvenes islas volcánicas oceánicas donde las cortas distancias espaciales abarcan transiciones climáticas abruptas. Este estudio documenta la diversidad de briofitas y examina cómo la elevación, el sustrato y las variables ambientales influyen en la estructura de las comunidades de briofitas en la isla de Flores (Azores). A través de cinco sitios y 385 microparcelas, se registraron 89 especies de 37 familias, predominando las hepáticas (relación hepática-musgo de 1.41). La riqueza y abundancia de especies siguieron un patrón unimodal, alcanzando su punto máximo en elevaciones medias (400-600 m sobre el nivel del mar), donde las condiciones húmedas y térmicamente estables favorecen la coexistencia de especies de tierras bajas y montanas. Incluso cambios altitudinales modestos correspondieron a un notable cambio en la composición de la comunidad, revelando un fuerte filtrado ecológico a lo largo del gradiente. El tipo de sustrato también influyó en los patrones de diversidad, con las hepáticas dominando hábitats epifíticos y lignícolas, mientras que los musgos eran más diversos en sustratos terrícolas y rupícolas. La presencia de varios endémicos azorianos y macaronésicos, incluidos los amenazados, resalta la importancia de conservación de los hábitats de media elevación. En general, estos resultados muestran que la variación altitudinal a pequeña escala genera una diferenciación ecológica sustancial, subrayando el papel de los bosques montanos como refugios para briofitas higrofílicas y endémicas y como indicadores sensibles del cambio ambiental en los ecosistemas insulares.