SSR-Sequencing Revela la Variación Genética Inter e Intraspecífica y las Relaciones Filogenéticas entre una Amplia Colección de Recursos de Germoplasma de Rábano ()
Autores: Li, Xiaoman; Wang, Jinglei; Qiu, Yang; Wang, Haiping; Wang, Peng; Zhang, Xiaohui; Li, Caihua; Song, Jiangping; Gui, Wenting; Shen, Di; Yang, Wenlong; Cai, Bin; Liu, Liwang; Li, Xixiang
Idioma: Inglés
Editor: MDPI
Año: 2021
Acceso abierto
Artículo científico
2021
SSR-Sequencing Revela la Variación Genética Inter e Intraspecífica y las Relaciones Filogenéticas entre una Amplia Colección de Recursos de Germoplasma de Rábano ()
Categoría
Ciencias Naturales y Subdisciplinas
Subcategoría
Biología
Palabras clave
Proceso evolutivo
Diversidad genética
Rábanos cultivados
Rábanos silvestres
Relaciones filogenéticas
Flujo genético
Licencia
CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual
Consultas: 18
Citaciones: Sin citaciones
ha sufrido un largo proceso evolutivo y tiene una rica diversidad. Sin embargo, las relaciones filogenéticas inter e intraespecíficas y la diversidad genética de este género no están bien entendidas. A través de la secuenciación SSR y el análisis múltiple de 939 accesiones silvestres, semi-silvestres y cultivadas, descubrimos que la población de rábano silvestre europeo (EWR) está separada de los rábanos cultivados y tiene una mayor diversidad genética. Ocurrieron frecuentes intercambios genéticos intraespecíficos en toda la población de rábano cultivado (WCR); hubo una considerable diferenciación genética dentro de la población de rábano cultivado europeo (ECR), lo que podría impulsar la formación de la diversidad del rábano. Entre las subpoblaciones de ECR, los rábanos cultivados primitivos europeos (EPCR) con mayor diversidad genética están más estrechamente relacionados con la población de EWR y exhiben un flujo genético con rábanos de cola de rata (RTR) y rábanos negros (BR)/rábanos de aceite (OR). Entre los rábanos cultivados asiáticos (ACR), los rábanos grandes chinos (CBR) con una diversidad relativamente alta están más alejados de la población de EWR, y la mayoría de los rábanos grandes japoneses/coreanos (JKBR) están cerca de las accesiones de CBR, excepto por algunas viejas variedades japonesas que están más cerca del EPCR. Las accesiones de CBR y JKBR son independientes de las accesiones de RTR; sin embargo, el análisis filogenético indica que el RTR es hermana del clado de CBR (incluyendo JWR), lo que sugiere que el RTR puede compartir el ancestro común más reciente con los CBR y JWR. Además, los rábanos silvestres japoneses (JWR), (es decir, forma) están principalmente dispersos entre CBR y EPCR en el análisis de PCoA. Además, los JWR tienen un fuerte intercambio genético con las subpoblaciones de JKBR, OR y RTR. Los rábanos silvestres americanos (AWR) están estrechamente relacionados con los rábanos silvestres y cultivados europeos, y tienen un flujo genético con los rábanos pequeños europeos (ESR), lo que sugiere que el AWR se desarrolló a partir de la hibridación natural entre el EWR y el ESR. En general, esto demuestra que Europa fue el centro de origen del rábano, y que Europa, el sur de Asia y el este de Asia parecen haber sido tres centros de domesticación independientes. El EPCR, AWR y JWR, como poblaciones semi-silvestres, podrían haber desempeñado roles transicionales indispensables en la evolución del rábano. Nuestro estudio proporciona nuevas perspectivas sobre el origen, la evolución y la diversidad genética de y facilita la conservación y explotación de los recursos de germoplasma de rábano.
Descripción
ha sufrido un largo proceso evolutivo y tiene una rica diversidad. Sin embargo, las relaciones filogenéticas inter e intraespecíficas y la diversidad genética de este género no están bien entendidas. A través de la secuenciación SSR y el análisis múltiple de 939 accesiones silvestres, semi-silvestres y cultivadas, descubrimos que la población de rábano silvestre europeo (EWR) está separada de los rábanos cultivados y tiene una mayor diversidad genética. Ocurrieron frecuentes intercambios genéticos intraespecíficos en toda la población de rábano cultivado (WCR); hubo una considerable diferenciación genética dentro de la población de rábano cultivado europeo (ECR), lo que podría impulsar la formación de la diversidad del rábano. Entre las subpoblaciones de ECR, los rábanos cultivados primitivos europeos (EPCR) con mayor diversidad genética están más estrechamente relacionados con la población de EWR y exhiben un flujo genético con rábanos de cola de rata (RTR) y rábanos negros (BR)/rábanos de aceite (OR). Entre los rábanos cultivados asiáticos (ACR), los rábanos grandes chinos (CBR) con una diversidad relativamente alta están más alejados de la población de EWR, y la mayoría de los rábanos grandes japoneses/coreanos (JKBR) están cerca de las accesiones de CBR, excepto por algunas viejas variedades japonesas que están más cerca del EPCR. Las accesiones de CBR y JKBR son independientes de las accesiones de RTR; sin embargo, el análisis filogenético indica que el RTR es hermana del clado de CBR (incluyendo JWR), lo que sugiere que el RTR puede compartir el ancestro común más reciente con los CBR y JWR. Además, los rábanos silvestres japoneses (JWR), (es decir, forma) están principalmente dispersos entre CBR y EPCR en el análisis de PCoA. Además, los JWR tienen un fuerte intercambio genético con las subpoblaciones de JKBR, OR y RTR. Los rábanos silvestres americanos (AWR) están estrechamente relacionados con los rábanos silvestres y cultivados europeos, y tienen un flujo genético con los rábanos pequeños europeos (ESR), lo que sugiere que el AWR se desarrolló a partir de la hibridación natural entre el EWR y el ESR. En general, esto demuestra que Europa fue el centro de origen del rábano, y que Europa, el sur de Asia y el este de Asia parecen haber sido tres centros de domesticación independientes. El EPCR, AWR y JWR, como poblaciones semi-silvestres, podrían haber desempeñado roles transicionales indispensables en la evolución del rábano. Nuestro estudio proporciona nuevas perspectivas sobre el origen, la evolución y la diversidad genética de y facilita la conservación y explotación de los recursos de germoplasma de rábano.