El morera de papel es una especie de árbol comúnmente encontrada con una larga historia de cultivo. También sirve como un caso de estudio crucial para entender cómo las plantas leñosas se adaptan a bajas temperaturas. Bajo tratamiento de frío, observamos un número sustancial de genes de empalme alternativo (AS), mostrando el intrincado paisaje de eventos de AS. Hemos detectado los siete tipos de eventos de AS, siendo el sitio de empalme alternativo 3 (A3) el más frecuente. Observamos que muchos genes que sufrieron AS diferencial estaban significativamente enriquecidos en metabolismo de almidón y sacarosa y vías de ritmo circadiano. Además, una proporción considerable de genes empalmados diferencialmente (DSGs) también mostró expresión diferencial, con un 20.38% y un 25.65% bajo tratamientos de frío de 12 h y 24 h, respectivamente. Esto sugiere una regulación coordinada entre el AS de los genes y la expresión, desempeñando un papel fundamental en la adaptación del morera de papel al estrés por frío. Investigamos además los mecanismos regulatorios del AS, identificando 41 factores de empalme ricos en serina/arginina (SR), de los cuales 11 mostraron expresión diferencial bajo tratamiento de frío, mientras que 29 sufrieron empalme alternativo. Adicionalmente, los genes que sufrieron AS mostraron niveles de metilación de ADN significativamente más altos bajo estrés por frío, mientras que los genes de empalme normal (no-AS) exhibieron niveles de metilación relativamente más bajos. Estos hallazgos sugieren que la metilación puede desempeñar un papel importante en la regulación del AS de los genes. Finalmente, nuestra investigación proporcionará información útil sobre el papel del AS en la tolerancia a la aclimatación al frío del morera de papel.