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SPEADI: Análisis Acelerado de Interacciones IDP-Ión a partir de Trayectorias de MD

Autores: de Bruyn, Emile; Dorn, Anton Emil; Zimmermann, Olav; Rossetti, Giulia

Idioma: Inglés

Editor: MDPI

Año: 2023

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Acceso abierto

Artículo científico
2023

SPEADI: Análisis Acelerado de Interacciones IDP-Ión a partir de Trayectorias de MD


Categoría

Ciencias Naturales y Subdisciplinas

Subcategoría

Biología

Palabras clave

Proteínas intrínsecamente desordenadas
Función de distribución radial
Función de distribución radial resuelta en el tiempo
Iones
Alfa-sinucleína
Humanina

Licencia

CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual

Consultas: 14

Citaciones: Sin citaciones


Descripción
La naturaleza desordenada de las Proteínas Intrínsecamente Desordenadas (IDPs) hace que sus conjuntos estructurales sean particularmente susceptibles a cambios en las condiciones ambientales químicas, lo que a menudo conduce a una alteración de sus funciones normales. Una Función de Distribución Radial (RDF) se considera un método estándar para caracterizar el entorno químico que rodea a las partículas durante simulaciones atomísticas, comúnmente promediado sobre toda o parte de una trayectoria. Dada su alta variabilidad estructural, dicha información promediada puede no ser confiable para las IDPs. Introducimos la Función de Distribución Radial Resuelta en el Tiempo (TRRDF), implementada en nuestro paquete de Python de código abierto SPEADI, que es capaz de caracterizar entornos dinámicos alrededor de las IDPs Alpha-Sinucleína (AS) y Humanina (HN) a partir de simulaciones de Dinámica Molecular (MD), y algunos de sus mutantes seleccionados, mostrando que las interacciones locales entre iones y residuos juegan un papel importante en las estructuras y comportamientos de las IDPs.

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