SPEADI: Análisis Acelerado de Interacciones IDP-Ión a partir de Trayectorias de MD
Autores: de Bruyn, Emile; Dorn, Anton Emil; Zimmermann, Olav; Rossetti, Giulia
Idioma: Inglés
Editor: MDPI
Año: 2023
Acceso abierto
Artículo científico
2023
SPEADI: Análisis Acelerado de Interacciones IDP-Ión a partir de Trayectorias de MD
Categoría
Ciencias Naturales y Subdisciplinas
Subcategoría
Biología
Palabras clave
Proteínas intrínsecamente desordenadas
Función de distribución radial
Función de distribución radial resuelta en el tiempo
Iones
Alfa-sinucleína
Humanina
Licencia
CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual
Consultas: 14
Citaciones: Sin citaciones
La naturaleza desordenada de las Proteínas Intrínsecamente Desordenadas (IDPs) hace que sus conjuntos estructurales sean particularmente susceptibles a cambios en las condiciones ambientales químicas, lo que a menudo conduce a una alteración de sus funciones normales. Una Función de Distribución Radial (RDF) se considera un método estándar para caracterizar el entorno químico que rodea a las partículas durante simulaciones atomísticas, comúnmente promediado sobre toda o parte de una trayectoria. Dada su alta variabilidad estructural, dicha información promediada puede no ser confiable para las IDPs. Introducimos la Función de Distribución Radial Resuelta en el Tiempo (TRRDF), implementada en nuestro paquete de Python de código abierto SPEADI, que es capaz de caracterizar entornos dinámicos alrededor de las IDPs Alpha-Sinucleína (AS) y Humanina (HN) a partir de simulaciones de Dinámica Molecular (MD), y algunos de sus mutantes seleccionados, mostrando que las interacciones locales entre iones y residuos juegan un papel importante en las estructuras y comportamientos de las IDPs.
Descripción
La naturaleza desordenada de las Proteínas Intrínsecamente Desordenadas (IDPs) hace que sus conjuntos estructurales sean particularmente susceptibles a cambios en las condiciones ambientales químicas, lo que a menudo conduce a una alteración de sus funciones normales. Una Función de Distribución Radial (RDF) se considera un método estándar para caracterizar el entorno químico que rodea a las partículas durante simulaciones atomísticas, comúnmente promediado sobre toda o parte de una trayectoria. Dada su alta variabilidad estructural, dicha información promediada puede no ser confiable para las IDPs. Introducimos la Función de Distribución Radial Resuelta en el Tiempo (TRRDF), implementada en nuestro paquete de Python de código abierto SPEADI, que es capaz de caracterizar entornos dinámicos alrededor de las IDPs Alpha-Sinucleína (AS) y Humanina (HN) a partir de simulaciones de Dinámica Molecular (MD), y algunos de sus mutantes seleccionados, mostrando que las interacciones locales entre iones y residuos juegan un papel importante en las estructuras y comportamientos de las IDPs.