La acuicultura es la industria agrícola de más rápido crecimiento en el mundo. La harina de pescado es un componente esencial de las dietas comerciales para peces, pero su sostenibilidad a largo plazo es una preocupación. Por lo tanto, es importante encontrar alternativas a la harina de pescado que tengan un valor nutricional similar y, al mismo tiempo, sean asequibles y fácilmente disponibles. La búsqueda de alternativas de alta calidad a la harina de pescado y al aceite de pescado ha interesado a investigadores de todo el mundo. En los últimos 20 años, se han estudiado diferentes harinas de insectos como una posible fuente alternativa de harina de pescado en los alimentos para acuicultura. Por otro lado, los probióticos - cepas microbianas vivas - se están utilizando como suplementos dietéticos y muestran efectos beneficiosos en el crecimiento y estado de salud de los peces. La microbiota intestinal de los peces juega un papel significativo en el metabolismo nutricional, lo que afecta a varias otras funciones fisiológicas, incluyendo el crecimiento y desarrollo de los peces, la regulación inmune y la resistencia a patógenos. Una de las razones clave para estudiar la microbiota intestinal de los peces es la posibilidad de modificar las comunidades microbianas que habitan en el intestino para beneficiar el crecimiento y la salud del huésped. El desarrollo de tecnologías de secuenciación de ADN y herramientas avanzadas de bioinformática ha hecho que el análisis metagenómico sea un método viable para investigar los microbios intestinales. En esta revisión, analizamos y resumimos el conocimiento actual proporcionado por los estudios de nuestro grupo de investigación sobre el uso de harina de insectos y suplementos probióticos en formulaciones de alimentos para acuicultura y sus efectos en la microbiota intestinal de diferentes peces. También destacamos las direcciones futuras de investigación para convertir las harinas de insectos en una fuente clave de proteínas para una acuicultura sostenible y exploramos los desafíos asociados con el uso de probióticos. Las harinas de insectos y los probióticos sin duda tendrán un efecto positivo en la sostenibilidad y rentabilidad a largo plazo de la acuicultura.