En América Latina, la gestión de recursos hídricos en algunas áreas es difícil cuando no se consideran todas las partes de un sistema (incluido su dinamismo). Por lo tanto, se vuelve necesario preparar instrumentos que faciliten la gestión utilizando un enfoque integral. Este estudio tuvo como objetivo desarrollar una metodología que permita realizar un análisis prospectivo de la gestión del agua sobre territorios delimitados. Se eligió la cuenca Zamora Huayco como área de estudio. Este trabajo incluyó un levantamiento de variables físico-naturales, socioeconómicas y político-institucionales, así como un análisis estructural del sistema. También, la generación de escenarios futuros y la orientación estratégica y táctica para la gestión integrada de los recursos hídricos. Los resultados muestran que, de las 23 variables utilizadas, 19 fueron clasificadas como variables clave del sistema. La mayoría de las variables tuvieron fuertes impactos entre sí, pero al mismo tiempo fueron altamente receptivas a cambios. El comportamiento del cambio, propuesto para los diferentes usos y coberturas de suelo en la cuenca para 2029, fue considerado como el escenario objetivo, destacando la ganancia en áreas forestales y vegetación arbustiva. Los planes estratégicos propuestos en esta metodología consideran la estructuración y recopilación de información en un único repositorio, creando canales de comunicación entre las partes interesadas y los tomadores de decisiones.