La lechuga es el vegetal de hoja más cultivado en Grecia; sin embargo, debido al sistema de cultivo intensivo adoptado, su cultivo es susceptible a muchos patógenos del suelo que causan pérdidas significativas en el rendimiento y la calidad. En el presente estudio, se evaluó el impacto de varios métodos de desinfección del suelo, como la solarización, la desinfección química y la aplicación de un biofungicida, en un campo comercial que ha sido utilizado repetidamente para el cultivo de lechuga. Las poblaciones de patógenos del suelo se midieron mediante qPCR antes y después de la implementación de los métodos de desinfección específicos. Aunque todos los métodos probados redujeron significativamente la población de los cuatro patógenos del suelo, la solarización fue el más efectivo. Además, la solarización redujo el número de plantas de lechuga afectadas por los patógenos y, al mismo tiempo, influyó significativamente en el crecimiento de las plantas de lechuga. El análisis de secuencias de amplicones de genes que codifican el 16S rRNA utilizado para estudiar la estructura de la comunidad bacteriana del suelo mostró que Firmicutes, Proteobacteria y Actinobacteria eran los filos bacterianos predominantes en las muestras de suelo. En general, la solarización tuvo efectos positivos sobre Firmicutes y efectos negativos sobre Proteobacteria y Actinobacteria; la fumigación del suelo con dazomet aumentó la abundancia relativa de Firmicutes y Proteobacteria y redujo los valores correspondientes de Actinobacteria; y el biofungicida no tuvo efectos significativos sobre los tres filos bacterianos predominantes. La composición y estructura de la comunidad bacteriana variaron después de la aplicación de los tratamientos de desinfección del suelo, ya que impusieron cambios en los niveles de diversidad alfa y beta. Se espera que los resultados de este estudio contribuyan a implementar el método de control más efectivo contra los patógenos del suelo más comunes en campos cultivados intensivamente, como aquellos cultivados con vegetales de hoja.