La soja tolerante a herbicidas es el cultivo genéticamente modificado (GM) más cultivado a nivel mundial. Los efectos de la soja GM y las prácticas agronómicas asociadas sobre las comunidades microbianas del suelo siguen siendo poco comprendidos. Este estudio tuvo como objetivo investigar el impacto de la siembra de soja GM con aplicación de glifosato en la diversidad microbiana del suelo. Las principales composiciones de comunidades bacterianas y fúngicas (a nivel de filo) fueron consistentes para la soja GM y la no GM. El análisis de diversidad alfa indicó que el índice de Shannon bacteriano fue significativamente más alto en el suelo de rizosfera GM durante la floración en comparación con el suelo no GM. No hubo diferencias significativas en los índices de Shannon, Simpson o ACE de las comunidades fúngicas del suelo entre la soja GM y la no GM en el mismo período. El análisis de PCoA no mostró diferencias significativas en la estructura de la comunidad entre el suelo de soja GM y no GM, tanto para hongos como para bacterias durante el mismo período. Aunque la abundancia relativa en la etapa de plántula fue significativamente menor en la soja GM que en la no GM, no afectó el número final de nódulos radiculares en ninguno de los tipos de soja. La abundancia relativa de fue significativamente menor en el suelo de rizosfera GM durante las etapas de plántula y floración, mientras que la de fue significativamente mayor durante la floración y el llenado de vainas. La abundancia y las funciones ecológicas de estos taxones justifican un monitoreo continuo.