La apariencia transparente de los embriones de pez proporciona una excelente característica de evaluación para observar la función cardiovascular in vivo. Anteriormente, los métodos para realizar la evaluación de la función vascular se basaban en medir la velocidad del flujo sanguíneo utilizando software de terceros. En este estudio, informamos sobre un software simple, gratuito y sin necesidad de habilidades, llamado OpenBloodFlow, que puede medir la velocidad del flujo sanguíneo y contar células sanguíneas en embriones de pez por primera vez. Primero, los videos capturados por CCD de alta velocidad se procesaron para mejorar la estabilización de la imagen y el contraste. A continuación, el flujo óptico de los objetos en movimiento se extrajo del fondo no móvil de manera cuadro por cuadro. Finalmente, la velocidad del flujo sanguíneo se calculó mediante el algoritmo Gunner Farneback en Python. La validación de datos con embriones de pez cebra y medaka en OpenBloodFlow fue consistente con nuestro método basado en ImageJ previamente publicado. Demostramos alteraciones consistentes en el flujo sanguíneo tanto con OpenBloodFlow como con ImageJ en la aorta dorsal de los embriones de pez cebra cuando se expusieron a fenilhidrazina o ractopamina. Además, validamos que OpenBloodFlow era capaz de realizar un conteo preciso de células sanguíneas. En este estudio, proporcionamos una programación fácil y completamente automática para el cálculo de la velocidad del flujo sanguíneo y el conteo de células sanguíneas que es útil para estudios de toxicología y farmacología en peces.