MSProfileR: Un software de código abierto para el control de calidad de espectros de desorción por láser asistido por matriz-tiempo de vuelo
Autores: Ben Hamouda, Refka; Estellon, Bertrand; Himet, Khalil; Cherif, Aimen; Marthinet, Hugo; Loreau, Jean-Marie; Texier, Gaëtan; Granjeaud, Samuel; Almeras, Lionel
Idioma: Inglés
Editor: MDPI
Año: 2024
Acceso abierto
Artículo científico
2024
MSProfileR: Un software de código abierto para el control de calidad de espectros de desorción por láser asistido por matriz-tiempo de vuelo
Categoría
Gestión y administración
Subcategoría
Gestión de la tecnología y la inovación
Palabras clave
Espectrometría de masas
Identificación
Micro-organismos
Bacterias
Artrópodo
MSProfileR
Licencia
CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual
Consultas: 1
Citaciones: Sin citaciones
A principios de la década de 2000, la espectrometría de masas por desorción láser asistida por matriz y tiempo de vuelo (MALDI-TOF MS) emergió como una herramienta eficaz y relevante para la identificación de microorganismos. Desde entonces, se ha vuelto prácticamente esencial para identificar bacterias en laboratorios de diagnóstico microbiológico. En la última década, se aplicó con éxito para la identificación de artrópodos, permitiendo a los investigadores distinguir vectores de no vectores de enfermedades infecciosas. Sin embargo, los fallos en la identificación no son raros, lo que dificulta su uso generalizado. El fallo se atribuye generalmente a la ausencia de espectros MS de especies contrapartes en la base de datos o a la calidad insuficiente de los espectros MS de consulta (es decir, menor intensidad y diversidad de picos MS detectados). Para evitar errores de coincidencia debido a espectros no conformes, se volvió imprescindible desarrollar una estrategia para detectar y excluir perfiles MS atípicos. Con este fin, creamos MSProfileR, un paquete de R que conduce a una herramienta bioinformática a través de una instalación simple, integrando un sistema de control de calidad de espectros MS y un pipeline de análisis que incluye detección de picos y comparaciones de espectros MS. MSProfileR también puede agregar metadatos sobre la muestra de la que se derivan los espectros. MSProfileR se ha desarrollado en el entorno R y ofrece una interfaz web fácil de usar utilizando el marco R Shiny. Está disponible en Microsoft Windows como una aplicación de navegador web mediante una simple navegación utilizando el enlace del paquete en Github v.3.10.0. Por lo tanto, MSProfileR es accesible para no especialistas en informática y está disponible de forma gratuita para la comunidad científica. Evaluamos MSProfileR utilizando dos conjuntos de datos que incluían exclusivamente espectros MS de artrópodos. Además de la clasificación coherente de muestras, se detectaron espectros MS atípicos en cada conjunto de datos, confirmando el valor de MSProfileR.
Descripción
A principios de la década de 2000, la espectrometría de masas por desorción láser asistida por matriz y tiempo de vuelo (MALDI-TOF MS) emergió como una herramienta eficaz y relevante para la identificación de microorganismos. Desde entonces, se ha vuelto prácticamente esencial para identificar bacterias en laboratorios de diagnóstico microbiológico. En la última década, se aplicó con éxito para la identificación de artrópodos, permitiendo a los investigadores distinguir vectores de no vectores de enfermedades infecciosas. Sin embargo, los fallos en la identificación no son raros, lo que dificulta su uso generalizado. El fallo se atribuye generalmente a la ausencia de espectros MS de especies contrapartes en la base de datos o a la calidad insuficiente de los espectros MS de consulta (es decir, menor intensidad y diversidad de picos MS detectados). Para evitar errores de coincidencia debido a espectros no conformes, se volvió imprescindible desarrollar una estrategia para detectar y excluir perfiles MS atípicos. Con este fin, creamos MSProfileR, un paquete de R que conduce a una herramienta bioinformática a través de una instalación simple, integrando un sistema de control de calidad de espectros MS y un pipeline de análisis que incluye detección de picos y comparaciones de espectros MS. MSProfileR también puede agregar metadatos sobre la muestra de la que se derivan los espectros. MSProfileR se ha desarrollado en el entorno R y ofrece una interfaz web fácil de usar utilizando el marco R Shiny. Está disponible en Microsoft Windows como una aplicación de navegador web mediante una simple navegación utilizando el enlace del paquete en Github v.3.10.0. Por lo tanto, MSProfileR es accesible para no especialistas en informática y está disponible de forma gratuita para la comunidad científica. Evaluamos MSProfileR utilizando dos conjuntos de datos que incluían exclusivamente espectros MS de artrópodos. Además de la clasificación coherente de muestras, se detectaron espectros MS atípicos en cada conjunto de datos, confirmando el valor de MSProfileR.