En esta revisión, describimos las características computacionales de la microscopía asistida por computadora que son únicas para el software del Centro de Análisis de Imágenes de Ecología Microbiana (CMEIAS), y ejemplos que ilustran cómo se pueden utilizar para obtener información ecofisiológica sobre adaptaciones microbianas que ocurren a escalas espaciales de micrómetros directamente relevantes para las células individuales que ocupan sus nichos ecológicos. Estas características incluyen algoritmos que miden con precisión (1) la longitud de las células microbianas relevante para evitar la bacteriovoría protozoaria; (2) el biovolumen corporal microbiano relevante para la escala alométrica y la asignación local de recursos de nutrientes que apoyan el crecimiento; (3) reglas de reconocimiento de patrones para la clasificación de morfotipos de diversas comunidades microbianas relevantes para su aptitud mejorada para el éxito en el hábitat particular; (4) patrones espaciales de coagregación que revelan la intensidad local de adaptaciones cooperativas y competitivas en el comportamiento de colonización relevantes para la ecología de biofilm microbiano; y (5) segmentación de objetos de imágenes a color complejas para diferenciar microbios objetivo que informan sobre la comunicación celular exitosa. Estas características computacionales únicas contribuyen a la misión de CMEIAS de desarrollar herramientas precisas y de libre acceso de bioinformática de imágenes que fortalecen los enfoques basados en microscopía para comprender la ecología microbiana a resolución de célula única.