Las vacunas contra el cáncer basadas en epítopos anteriores se han centrado en analizar un número limitado de epítopos mutados y variables clínicas preliminarmente a ensayos experimentales. Como resultado, se han observado relativamente pocos resultados clínicos positivos en las vacunas contra el cáncer basadas en epítopos. Se requieren mayores esfuerzos para diversificar la selección de epítopos mutados adaptados a cánceres con diferentes firmas genéticas. Para abordar esto, desarrollamos la primera versión de AutoEpiCollect, un software de interfaz gráfica de usuario fácil de usar, capaz de generar epítopos seguros e inmunogénicos a partir de mutaciones de sentido erróneo en cualquier oncogén de interés. Este software incorpora un novedoso método de clasificación de epítopos impulsado por aprendizaje automático, aprovechando un modelo de regresión logística probabilística que se entrena con datos experimentales de ensayos de células T. Los usuarios pueden descargar AutoEpiCollectGUI de forma gratuita con su guía de usuario para instalar y ejecutar el software en GitHub. Utilizamos AutoEpiCollect para diseñar una vacuna pan-cáncer dirigida a mutaciones de sentido erróneo encontradas en el protooncogén PIK3CA, que codifica la subunidad catalítica p110 de la proteína quinasa PI3K. Seleccionamos PIK3CA como nuestro objetivo genético debido a su amplia prevalencia como una oncoquinasa en varios tipos de cáncer y su ausencia como objetivo genético en ensayos clínicos.