El análisis envolvente de datos (DEA) se ha propuesto como un medio para evaluar opciones de gestión alternativas cuando hay múltiples criterios con múltiples indicadores cada uno. Aunque el método se ha aplicado ampliamente, las implicaciones del método aplicado en la clasificación alternativa de gestión resultante no se han considerado previamente. Consideramos el impacto en la clasificación de opciones de ignorar una estructura jerárquica implícita cuando hay diferentes números de indicadores asociados con posibles objetivos de orden superior. También consideramos las implicaciones del uso de enfoques radiales o basados en holguras en la clasificación de opciones con y sin una estructura jerárquica. Utilizamos un conjunto de datos artificiales, así como datos de un estudio previo para evaluar las implicaciones del enfoque adoptado, con el objetivo de proporcionar orientación para futuras aplicaciones de DEA para la toma de decisiones multicriterio. Encontramos beneficios sustanciales al aplicar un enfoque jerárquico en la evaluación de las alternativas de gestión. También encontramos que los enfoques basados en holguras son mejores para diferenciar entre alternativas de gestión dadas múltiples objetivos e indicadores.