El carpa común alo-tetraploide codifica dos genes duplicados y dos genes elovl5 duplicados. Se informó que los SNPs codificadores (cSNPs) de estos genes estaban significativamente asociados con los contenidos de PUFA. Sin embargo, no se ha informado si los SNPs del promotor (pSNPs) estaban asociados con los contenidos de PUFA. En este estudio, después de secuenciar los promotores de estos cuatro genes, identificamos seis pSNPs asociados con los contenidos de PUFAs en el carpa común, incluyendo un pSNP, un pSNP y cuatro pSNPs. Se predijo que los pSNPs se encontraban en las ubicaciones de los sitios de unión de factores de transcripción. Junto con los cSNPs previamente identificados en los dos genes, los pSNPs y cSNPs de estos dos genes tuvieron efectos conjuntos sobre los contenidos de PUFA, con un porcentaje explicado de variación fenotípica de los contenidos de PUFA mayor que el de un solo gen. Los niveles de expresión de ambos estaban significativamente correlacionados positivamente con los contenidos de seis PUFAs. Los pSNPs correspondientes a niveles de expresión más altos estaban asociados con mayores contenidos de PUFA. Los pSNPs y cSNPs serán útiles para la futura selección y cría de carpa común con mayores contenidos de PUFA.