La leptospirosis bovina es una enfermedad reproductiva importante y el aborto es un signo principal, lo que lleva a impactos económicos. Debido a su etiología multifactorial, el diagnóstico adecuado de la causa del aborto es crucial. Se recomienda la necropsia de los fetos seguida de un análisis molecular para el diagnóstico, y la investigación se realiza principalmente en los riñones y el hígado. Este estudio tuvo como objetivo analizar sitios no convencionales para la presencia de ADN leptospiral en fetos bovinos abortados anictéricos. Métodos: Se recibieron cinco fetos del mismo hato para necropsia y diagnóstico. Se realizó PCR L32 convencional en los riñones, hígados, pulmones, corazones, bazo, contenido subcapsular del riñón, líquido abomasal y en los contenidos hemorrágicos de la cavidad. Para completar la investigación, se recolectaron sueros de 30 vacas del hato para realizar el tamizaje serológico mediante la Prueba de Aglutinación Microscópica. Además, se seleccionaron seis vacas subfértiles no gestantes del mismo hato debido a su bajo rendimiento reproductivo, y se recolectaron muestras genitales (fragmento uterino y moco cervicovaginal) y orina para L32-PCR. Las muestras positivas por PCR se enviaron a una PCR anidada del gen Y y se destinaron a secuenciación. Resultados: El hato presentó animales seroreactivos (11/30, 36.6%), todos contra el serogrupo Sejroe, con títulos entre 200 y 1600. En la necropsia, cuatro fetos mostraron lesiones hemorrágicas y anictéricas, mientras que un feto no presentó lesiones macroscópicas. En cuanto al análisis molecular, todos los fetos fueron positivos en L32-PCR y los sitios positivos fueron el corazón, los pulmones, el contenido subcapsular del riñón, el timo, los riñones, el hígado y el líquido abomasal. Solo un feto presentó resultados positivos en el riñón y el hígado, mientras que tres fetos fueron positivos en el líquido abomasal. Cinco de seis vacas fueron positivas para L32-PCR, todas siendo positivas solo en muestras genitales. De los fetos y las vacas, se obtuvieron siete secuencias y todas fueron identificadas como serogrupo Sejroe serovar Hardjoprajitno. Conclusiones: Para mejorar el diagnóstico de leptospirosis en vacas, se recomienda realizar un análisis integral de las muestras, más allá de los riñones y el hígado. Así, alentamos encarecidamente a probar múltiples órganos mediante PCR para investigar abortos sospechosos de leptospirosis bovina, particularmente en fetos anictéricos.