Este estudio desarrolla el Modelo de Alineación de Ajuste Organizacional de Sistemas de Información (ISOFAM) para evaluar la alineación de los sistemas de información (SI) durante la fase de pre-combinación de fusiones y adquisiciones (F&A), una etapa crítica pero poco explorada en la planificación de la integración. A través de la teoría fundamentada constructivista y el reanálisis de datos cualitativos de dos casos de F&A anonimizados, uno nacional (esloveno) y uno transfronterizo (europeo), este estudio identifica cuatro dimensiones diagnósticas: Compatibilidad Técnica, Complementariedad Funcional, Ajuste Cultural y de Gobernanza, y Madurez en la Planificación. ISOFAM se operacionaliza a través de herramientas visuales, incluyendo la Matriz de Diagnóstico de Riesgo-Oportunidad, el Diagrama de Flujo de Escalación de Desalineación de SI y el Marco de Integración Temporal, que facilitan la alineación temprana y la previsión estratégica. Estas contribuciones posicionan los SI como una prioridad estratégica de pre-combinación, mejorando tanto los resultados teóricos como prácticos en F&A digitales.