La metabarcoding del ADN ribosomal de procariontes y hongos (solo Ascomycota) se utilizó para describir las comunidades microbianas en suelos de un remanente de selva lluviosa ecuatorial, un cultivo intercalado de maíz-frijol y caña de azúcar en el oeste de Kenia. Los sistemas de cultivo influenciaron la composición de la comunidad microbiana y los rasgos funcionales (fuente de energía y ciclo de nutrientes) del suelo en cada cultivo. La riqueza y diversidad microbiana tendieron a aumentar con la intensidad de la cultivación. El suelo del cultivo intercalado de maíz-frijol tenía porcentajes más bajos y la caña de azúcar tenía porcentajes más altos de variantes de secuencias de amplicones únicos tanto de bacterias como de hongos en comparación con el bosque remanente. Los rasgos funcionales fueron alterados por la intensidad de la cultivación. En comparación con los suelos del bosque remanente, el suelo del cultivo intercalado de maíz-frijol tenía porcentajes más bajos de bacterias aeróbicas quimioheterótrofas y porcentajes más altos de bacterias del ciclo del Nitrógeno, mientras que la caña de azúcar tenía porcentajes más altos de bacterias aeróbicas quimioheterótrofas y porcentajes más bajos de bacterias del ciclo del Nitrógeno. Ante la pérdida creciente de bosques y las presiones para la productividad agrícola, este paisaje proporciona un sitio rico para estudiar los impactos de los sistemas de cultivo en la salud del suelo.