El mar Mediterráneo, un hotspot de biodiversidad con más de 8500 especies marinas, enfrenta amenazas crecientes debido al cambio climático, la contaminación, la sobrepesca y la degradación del hábitat. Este estudio presenta un novedoso Sistema de Soporte a la Decisión (DSS) que integra un marco PESTEL modificado (BESTEL: Biológico, Económico, Social, Tecnológico, Ambiental, Legal) con Mapeo Cognitivo Difuso (FCM) para evaluar y mitigar riesgos para las especies marinas. Aprovechando el conocimiento de expertos de 34 especialistas, identificamos 30 factores clave que influyen en el riesgo de extinción, analizados a través del Análisis de Componentes Principales (PCA) para reducir la dimensionalidad. El modelo FCM resultante simuló cuatro escenarios de políticas, evaluando los impactos del cambio climático y la proliferación de presas en la biodiversidad. Los hallazgos revelan que mitigar ambos impulsores reduce significativamente el riesgo de extinción (-0.14), mientras que el cambio climático descontrolado contrarresta las ganancias de la eliminación de presas. El DSS destaca la dominancia de los estresores climáticos, siendo la contaminación y los cambios de temperatura (-0.45, -0.42) variables críticas. Rasgos biológicos como la frecuencia reproductiva y la longevidad responden fuertemente a las mejoras ambientales. Este enfoque integrador une la experiencia cualitativa y el modelado cuantitativo, ofreciendo información práctica para la planificación de la conservación. El estudio subraya la necesidad de estrategias holísticas que combinen la mitigación del clima y la restauración del hábitat para salvaguardar los ecosistemas marinos del Mediterráneo. El DSS basado en FCM proporciona una herramienta escalable para que los responsables de políticas prioricen intervenciones y evalúen compensaciones en sistemas socio-ecológicos complejos.