Hemos desarrollado PotatoMASH (Potato Multi-Allele Scanning Haplotags), una novedosa plataforma de marcadores de exploración genómica de bajo costo. Diseñamos un panel de 339 regiones multi-alélicas colocadas a intervalos de 1 Mb en toda la porción eucromática del genoma. Estas regiones fueron analizadas utilizando un enfoque de secuenciación de amplicones múltiples, que permite genotipar cientos de plantas a un costo de 5 EUR/muestra. Aplicamos PotatoMASH a una población de más de 700 líneas de papa. Obtuvimos llamadas de dosis tetraploides para 2012 haplotipos multi-alélicos cortos en 334 loci, que variaron de 2 a 14 haplotipos diferentes por locus. El sistema fue capaz de diagnosticar la presencia de marcadores de resistencia a plagas específicas, detectar loci de rasgos cuantitativos (QTL) mediante estudios de asociación de todo el genoma (GWAS) en una población tetraploide y rastrear la variación en una población segregante diploide. PotatoMASH encuesta eficientemente la variación genética en todo el genoma de papa, y puede implementarse como una única plataforma de genotipado de bajo costo que permitirá la aplicación rutinaria y simultánea de la selección asistida por marcadores (MAS) y otras aplicaciones de genotipado en programas comerciales de mejoramiento de papa.