Los contaminantes emergentes representan grandes riesgos para la salud de los humanos y los organismos vivos, incluso cuando se liberan a concentraciones mínimas durante largos períodos de exposición. En este trabajo, fabricamos nanocompuestos basados en magnetita recubierta de carbón activado mediante la incorporación de los biopolímeros xilano o pectina en su estructura. Se investigaron dos rutas de síntesis que difieren en sus pasos secuenciales. Se demostró que la ruta de síntesis afecta la morfología, propiedades texturales y estructura química de los nanocompuestos, como lo confirman la Microscopía Electrónica de Barrido (SEM), el análisis de Brunauer-Emmett-Teller (BET) y las mediciones de Espectroscopía Infrarroja por Transformada de Fourier (FTIR), respectivamente. Por lo tanto, a su vez, influye en el rendimiento de los nanocompuestos en su remoción adsorbente para los contaminantes emergentes de Fluoxetina y Famotidina, cuya presencia en aguas residuales ha sido confirmada en varios estudios.