El síndrome de marca roja (RMS) es un trastorno cutáneo generalizado de la trucha arcoíris en la acuicultura de agua dulce, que se cree que es causado por un organismo similar a un -like (MLO). Aquí, nuestro objetivo fue estudiar los mecanismos patológicos en el origen del RMS analizando muestras de campo de un brote reciente a través de la expresión génica, PCR de MLO, PCR cuantitativa y un sistema de puntuación histopatológica propuesto para las lesiones de RMS. Los análisis estadísticos incluyeron un Análisis de Varianza de una vía (ANOVA) con una prueba de comparaciones múltiples de Dunnett para evaluar las diferencias entre los grupos de expresión génica y una correlación no paramétrica de Spearman entre varias categorías de lesiones cutáneas y resultados de PCR. En resumen, los resultados confirmaron la presencia de una alta cantidad de copias del gen 16S de organismos similares a -like en tejidos cutáneos enfermos. Sin embargo, el número de organismos similares a -like detectados no se correlacionó con el grado de severidad de la enfermedad cutánea. Se encontró ADN de organismos similares a -like en el bazo y el riñón cefálico. El bazo mostró cambios patológicos principalmente de tipo hiperplásico, reflejando su participación directa durante la infección. Las lesiones cutáneas más severas se caracterizaron por un alto nivel de citoquinas inflamatorias que sostenían y modulaban el severo proceso inflamatorio. IL-1 beta, IL-6, IL-10, MHC-II y TCR fueron regulados al alza en lesiones cutáneas severas, mientras que IL-10 se expresó en gran medida en lesiones de moderadas a severas. En la forma moderada, la respuesta se dirigió a producir inmunoglobulinas, que parecieron cruciales para controlar la severidad de la enfermedad cutánea. En conjunto, nuestros resultados ilustraron una compleja interacción inmune entre el huésped y el organismo similar a -like.