La simulación de la propagación de ondas y la penetración en puertos y áreas costeras es de suma importancia para ingenieros y científicos que desean obtener una representación precisa del campo de ondas. Sin embargo, esto suele ser una tarea bastante desafiante debido a la complejidad de los procesos que deben resolverse, así como a los altos niveles de recursos computacionales requeridos. En el presente artículo se presentan las mejoras realizadas en un modelo de ondas tipo Boussinesq existente y sofisticado, relacionadas con la generación precisa de ondas irregulares multidireccionales, así como una metodología empírica para calcular los caudales de desbordamiento de las olas. El modelo fue ampliamente validado con 4 casos de prueba experimentales, abarcando una amplia gama de aplicaciones, como la propagación de ondas sobre un banco de arena, la penetración de ondas en puertos a través de una brecha en un rompeolas, la ruptura de olas en una playa con pendiente plana y el desbordamiento de olas detrás de los rompeolas. Se logró un buen acuerdo de los resultados del modelo con todas las mediciones experimentales, convirtiendo al modelo de ondas en una herramienta valiosa en aplicaciones de la vida real para ingenieros y científicos que desean obtener soluciones precisas del campo de ondas en cuencas de olas y áreas costeras complejas, manteniendo los tiempos de cálculo a niveles razonables.