Este trabajo está dedicado a simulaciones clásicas de dinámica molecular de modificaciones superficiales (cráteres) perforados por pulsos láser de femtosegundo único en silicio y diamante, materiales relevantes para numerosas aplicaciones industriales. Proponemos una metodología que allana el camino hacia una disminución significativa en los costos computacionales de la simulación, lo que también podría permitir una estimación precisa del tamaño y la forma de los cráteres.