La simulación estocástica ha sido ampliamente utilizada para modelar la dinámica de redes de reacciones bioquímicas. Varios algoritmos han sido propuestos como soluciones exactas de la ecuación maestra química, siguiendo el trabajo de Gillespie. Estos enfoques de simulación estocástica pueden clasificarse ampliamente en dos categorías: simulación basada en red y simulación sin red. El enfoque basado en red requiere que la red completa de reacciones se establezca desde el principio, mientras que el enfoque sin red se basa en reglas de reacción que codifican clases de reacciones, y mediante transformaciones de reglas, genera eventos de reacción según sea necesario sin tener que derivar toda la red. En este estudio, comparamos la eficiencia y limitaciones de varias implementaciones disponibles de estos dos enfoques. Los resultados permiten una selección informada de la implementación y metodología para aplicaciones específicas de modelado bioquímico.