La toxicidad del aluminio (Al) en suelos ácidos es un estrés abiótico importante que impacta negativamente el crecimiento y desarrollo de las plantas. Los efectos tóxicos del Al se manifiestan principalmente en el sistema radicular, lo que lleva a una inhibición de la elongación y funcionalidad de las raíces, lo que afecta los órganos aéreos de la planta. Investigaciones recientes han mejorado considerablemente nuestra comprensión de las aplicaciones de compuestos de pequeñas moléculas en la mitigación de la toxicidad del Al. Este estudio tuvo como objetivo investigar el papel del boro (B), el silicio (Si) y su combinación en la mitigación de la toxicidad del Al en la soja. Los resultados revelaron que la aplicación combinada mejoró significativamente la biomasa y la longitud de las raíces de soja expuestas a la toxicidad del Al en comparación con los tratamientos de B y Si por separado. Nuestros resultados también indicaron que la toxicidad del Al causa muerte celular programada (PCD) en las raíces de soja, mientras que B, Si y su combinación mitigaron la PCD inducida por la toxicidad del Al. El daño oxidativo inducido por la toxicidad del Al se alivió notablemente, como lo evidencian las menores acumulaciones de MAD y HO en las raíces de soja tratadas con la combinación de B y Si. Además, B, Si y la combinación de B y Si mejoraron significativamente los sistemas antioxidantes de la planta al regular al alza las enzimas antioxidantes, incluyendo CAT, POD, APX y SOD. En general, se encontró que la suplementación con B, Si y su combinación alivia el daño oxidativo y reduce la PCD causada por la toxicidad del Al, lo que puede ser uno de los mecanismos por los cuales alivian la inhibición del crecimiento radicular debido a la toxicidad del Al. Nuestros resultados sugieren que la suplementación con B, Si y su combinación puede ser una estrategia efectiva para mejorar el crecimiento y la productividad de la soja frente a la toxicidad del Al.