El objetivo de este estudio fue explorar la excelente producción de ensilaje a través de la co-ensilaje de la planta entera de yuca y el tallo de maíz, y se analizaron diferentes proporciones de planta entera de yuca (0%, 10%, 20%, 30%, 40% y 50%, en base a materia fresca) co-ensiladas con tallo de maíz en función de la comunidad bacteriana del ensilaje, el perfil funcional y las características de la red ecológica microbiana. Los resultados demostraron que co-ensilar un 30% de planta entera de yuca con un 70% de tallo de maíz podría considerarse un modo eficiente de producción. El ensilaje mixto mostró una gran calidad, como se refleja en la reducción del valor de pH y las concentraciones de ácido acético, ácido butírico y nitrógeno amoniacal y la concentración aumentada de ácido láctico, puntaje V y valor nutricional en comparación con el ensilaje de tallo de maíz solo. Mientras tanto, el co-ensilaje restringió las bacterias indeseables del tallo de maíz y de la planta entera de yuca y aumentó la abundancia de bacterias lácticas (LAB) como , , , etc. Además, las funciones predichas de la comunidad bacteriana mostraron grandes diferencias en el ensilaje mixto en comparación con la planta entera de yuca o el tallo de maíz ensilados solos. Por otro lado, el análisis de las redes de co-ocurrencia mostró que el ensilaje mixto afectó las características de la red microbiana, el número de módulos y las abundancias relativas de bacterias y debilitó la complejidad y estabilidad de las redes en comparación con el ensilaje simple de planta entera de yuca. Además, la composición de la comunidad microbiana del ensilaje tuvo un gran impacto en las propiedades de la red, y las bacterias indeseables desempeñaron un papel crucial en la complejidad y estabilidad. En general, este estudio reveló las características de las comunidades microbianas del ensilaje mixto de planta entera de yuca con tallo de maíz y los módulos de red de co-ocurrencia, complejidad y estabilidad y aclaró parcialmente el mecanismo microbiano del co-ensilaje para producir ensilaje de alta calidad. Los hallazgos de este estudio tienen importantes implicaciones para comprender profundamente el proceso de ensilaje y regular con precisión la calidad de la fermentación del ensilaje.