SGCNCMI: Un Nuevo Modelo que Combina Información Multi-Modal para Predecir miARNs Relacionados con circRNA, Enfermedades y Genes
Autores: Yu, Chang-Qing; Wang, Xin-Fei; Li, Li-Ping; You, Zhu-Hong; Huang, Wen-Zhun; Li, Yue-Chao; Ren, Zhong-Hao; Guan, Yong-Jian
Idioma: Inglés
Editor: MDPI
Año: 2022
Acceso abierto
Artículo científico
2022
SGCNCMI: Un Nuevo Modelo que Combina Información Multi-Modal para Predecir miARNs Relacionados con circRNA, Enfermedades y Genes
Categoría
Ciencias Naturales y Subdisciplinas
Subcategoría
Biología
Palabras clave
Predicción computacional
MiARNs
Enfermedades
Genes
CircARNs
Asociaciones
Licencia
CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual
Consultas: 14
Citaciones: Sin citaciones
La predicción computacional de miARN, enfermedades y genes asociados con circARN tiene importantes implicaciones para la investigación de circARN, así como proporciona una referencia para experimentos en laboratorio que ahorran costos y tiempo. En este estudio, SGCNCMI, un modelo computacional que combina información multimodal y redes neuronales convolucionales gráficas, combina la similitud de nodos para formar información de nodos y luego predice nodos asociados utilizando GCN con un mecanismo de contribución distributiva. El modelo se puede utilizar no solo para predecir el nivel molecular de las interacciones circARN-miARN, sino también para predecir asociaciones circARN-cáncer y circARN-gene. Los AUC de las asociaciones circARN-miARN, circARN-enfermedad y circARN-gene en el experimento de validación cruzada de cinco pliegues de SGCNCMI son 89.42%, 84.18% y 82.44%, respectivamente. SGCNCMI es uno de los pocos modelos en este campo y logró los mejores resultados. Además, en nuestro estudio de caso, seis de los diez pares de relaciones con las puntuaciones de predicción más altas fueron verificados en PubMed.
Descripción
La predicción computacional de miARN, enfermedades y genes asociados con circARN tiene importantes implicaciones para la investigación de circARN, así como proporciona una referencia para experimentos en laboratorio que ahorran costos y tiempo. En este estudio, SGCNCMI, un modelo computacional que combina información multimodal y redes neuronales convolucionales gráficas, combina la similitud de nodos para formar información de nodos y luego predice nodos asociados utilizando GCN con un mecanismo de contribución distributiva. El modelo se puede utilizar no solo para predecir el nivel molecular de las interacciones circARN-miARN, sino también para predecir asociaciones circARN-cáncer y circARN-gene. Los AUC de las asociaciones circARN-miARN, circARN-enfermedad y circARN-gene en el experimento de validación cruzada de cinco pliegues de SGCNCMI son 89.42%, 84.18% y 82.44%, respectivamente. SGCNCMI es uno de los pocos modelos en este campo y logró los mejores resultados. Además, en nuestro estudio de caso, seis de los diez pares de relaciones con las puntuaciones de predicción más altas fueron verificados en PubMed.