La transferencia horizontal de genes (HGT) es un fenómeno ampliamente reconocido en procariotas para generar diversidad genética. Sin embargo, el impacto de este proceso en eucariotas, particularmente la HGT interdominio, es un tema de debate. Aunque se han observado sesgos en la detección de HGT interdominio, se ha realizado poca exploración sobre los efectos de bases de datos desbalanceadas. En nuestro estudio, realizamos experimentos para evaluar cómo diferentes bases de datos afectan la detección de HGT interdominio utilizando proteomas del subfilo de hongos Pezizomycotina como nuestro grupo de enfoque. Nuestro objetivo era simular el desbalance de bases de datos comúnmente encontrado en bases de datos biológicas públicas, donde las secuencias bacterianas y eucariotas están representadas de manera desigual, y demostrar que un aumento en las secuencias eucariotas cargadas conduce a una disminución en los HGT predichos. Para nuestros experimentos, se utilizaron cuatro bases de datos con diferentes proporciones de secuencias eucariotas pero proporciones consistentes de secuencias bacterianas. Observamos una reducción significativa en los candidatos de HGT interdominio detectados a medida que aumentaba la proporción de eucariotas dentro de la base de datos. Nuestros datos sugieren que el desbalance en las bases de datos sesga la detección de HGT interdominio y destaca los desafíos asociados con la confirmación de la presencia de HGT interdominio entre los hongos Pezizomycotina y potencialmente otros grupos dentro de Eukarya.