Este estudio tuvo como objetivo investigar la prevalencia de subsp. (MAP) en pequeños rumiantes en Austria mediante la prueba de 22,019 muestras de suero con ELISA para la presencia de anticuerpos específicos. Además, se llevaron a cabo investigaciones detalladas en cinco rebaños de cabras infectadas por MAP mediante ELISA, qPCR y cultivo bacteriano. La prevalencia aparente de MAP a nivel animal encontrada fue del 2.0% para cabras y del 0.7% para ovejas (prevalencia verdadera calculada del 3.5% y 1.2%, respectivamente). La prevalencia aparente de MAP a nivel de rebaño fue del 11.1% para rebaños de cabras y del 8.9% para parvadas de ovejas. Los factores de riesgo significativos para la seropositividad en rebaños de cabras fueron: tamaño del rebaño, comercio de animales, explotación como rebaño lechero, membresía en el Servicio de Salud Animal y convivencia con caza de granja. Para las parvadas de ovejas, la seroprevalencia fue significativamente mayor en parvadas con comercio de animales y donde se mantenían ganado o cabras en la parvada, respectivamente. La prevalencia aparente de MAP dentro del rebaño en las cinco granjas de cabras investigadas fue del 21.8% (11.7%-28.0%, seroprevalencia verdadera calculada del 38.6%) y se detectó una tasa general de excreción de MAP del 12.3% (5.0%-24.7%). Fue posible identificar MAP mediante cultivo utilizando muestras de hisopos de botas en cada rebaño. Los resultados indicaron una tasa moderada de infección por MAP en pequeños rumiantes en Austria.