Los metales esenciales Cu, Zn y Fe están involucrados en muchas actividades requeridas para las respuestas normales y de estrés en las plantas y sus microbiomas. Este artículo se centra en cómo la sequía y la colonización microbiana de las raíces influyen en los metabolitos de los brotes y del rizosfera con propiedades de quelación de metales. Las plántulas de trigo, con y sin un microbioma de pseudomonas, se cultivaron con riego normal o en condiciones de déficit hídrico. Al momento de la cosecha, se evaluaron los metabolitos quelantes de metales (aminoácidos, ácidos orgánicos de bajo peso molecular (LMWOAs), ácidos fenólicos y el sideróforo del trigo) en los brotes y en las soluciones del rizosfera. Los brotes acumularon aminoácidos con la sequía, pero los metabolitos cambiaron poco debido a la colonización microbiana, mientras que el microbioma activo generalmente redujo los metabolitos en las soluciones del rizosfera, un posible factor en el biocontrol del crecimiento de patógenos. La modelización geoquímica con los metabolitos del rizosfera predijo que el Fe formaba gluconatos de Fe-Ca, el Zn estaba principalmente presente como iones y el Cu estaba quelado con el sideróforo 2-deoximugineico, LMWOAs y aminoácidos. Así, los cambios en los metabolitos de los brotes y del rizosfera causados por la sequía y la colonización microbiana de las raíces tienen impactos potenciales en la vitalidad de las plantas y la biodisponibilidad de metales.