Seq2R: un paquete de R para detectar puntos de cambio en secuencias de ADN
Autores: Villanueva, Nora M.; Sestelo, Marta; Fonseca, Miguel M.; Roca-Pardiñas, Javier
Idioma: Inglés
Editor: MDPI
Año: 2023
Acceso abierto
Artículo científico
2023
Seq2R: un paquete de R para detectar puntos de cambio en secuencias de ADN
Categoría
Matemáticas
Subcategoría
Matemáticas generales
Palabras clave
Procesos mutacionales
Composición de nucleótidos
Genoma mitocondrial
Secuencia de ADN
Asimetría
Apoyo estadístico
Licencia
CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual
Consultas: 20
Citaciones: Sin citaciones
Identificar los procesos mutacionales que dan forma a la composición de nucleótidos del genoma mitocondrial (mtDNA) es fundamental para entender mejor cómo evolucionan estos genomas. Varios métodos han sido propuestos para analizar la composición de nucleótidos y sesgos de secuencias de ADN, pero la mayoría de ellos carecen de medidas de soporte estadístico o no fueron desarrollados teniendo en cuenta las especificidades de los genomas mitocondriales. Se presenta una nueva metodología, específicamente desarrollada para el mtDNA, para detectar cambios o asimetrías en la composición (sesgos AT y CG) basada en modelos de regresión no paramétricos y sus derivadas. El método propuesto también incluye la construcción de intervalos de confianza, que se construyen utilizando técnicas de bootstrap. Este artículo presenta un paquete de R, conocido como , que implementa la metodología propuesta. Además, se proporciona una ilustración del uso de utilizando datos reales, específicamente dos mtDNAs completos disponibles públicamente: la secuencia humana () y la secuencia del mitogenoma de un nematodo ().
Descripción
Identificar los procesos mutacionales que dan forma a la composición de nucleótidos del genoma mitocondrial (mtDNA) es fundamental para entender mejor cómo evolucionan estos genomas. Varios métodos han sido propuestos para analizar la composición de nucleótidos y sesgos de secuencias de ADN, pero la mayoría de ellos carecen de medidas de soporte estadístico o no fueron desarrollados teniendo en cuenta las especificidades de los genomas mitocondriales. Se presenta una nueva metodología, específicamente desarrollada para el mtDNA, para detectar cambios o asimetrías en la composición (sesgos AT y CG) basada en modelos de regresión no paramétricos y sus derivadas. El método propuesto también incluye la construcción de intervalos de confianza, que se construyen utilizando técnicas de bootstrap. Este artículo presenta un paquete de R, conocido como , que implementa la metodología propuesta. Además, se proporciona una ilustración del uso de utilizando datos reales, específicamente dos mtDNAs completos disponibles públicamente: la secuencia humana () y la secuencia del mitogenoma de un nematodo ().