La decapitación es común en horticultura para alterar la arquitectura de las plantas. La decapitación de las plantas de crisantemo rompe la dominancia apical y conduce a más flores en las ramas laterales, resultando en flores de paisaje con buena cobertura. Realizamos secuenciación del transcriptoma de tercera y segunda generación de los segundos brotes de crisantemo. Este transcriptoma de tercera generación es el primer transcriptoma de tercera generación secuenciado de crisantemo, revelando eventos de empalme alternativo, lncARNs y factores de transcripción. Aparte de las hormonas clásicas, la expresión de genes relacionados con jasmonatos cambió debido a este proceso. Los azúcares también jugaron un papel importante en este proceso, con la expresión regulada al alza de genes relacionados con el transporte de sacarosa. Construimos un modelo del crecimiento inicial de los segundos brotes después de la decapitación. La exportación de auxinas y la entrada de azúcares activaron el crecimiento de estos brotes, mientras que el JA-Ile causado por la herida inhibió la expresión de genes de 0 h a 6 h. Después de la recuperación de la herida, los citoquininas se acumularon en los segundos brotes y podrían haber inducido la expresión para regular al alza la expresión génica de 6 h a 48 h, junto con los azúcares. Por lo tanto, los jasmonatos, citoquininas, azúcares y auxinas trabajan juntos para determinar el destino de los brotes de plantas con internodos cortos, como el crisantemo.