La contaminación por cadmio (Cd) restringe el crecimiento del arroz y representa una amenaza para la salud humana. El selenio en nanoescala (NanoSe) es un nuevo material nanométrico. Sin embargo, no se han reportado los efectos de la aplicación de NanoSe en el rendimiento del arroz aromático bajo contaminación por Cd. En este estudio, se realizó un experimento en macetas con dos variedades de arroz aromático y una concentración de Cd en el suelo de 30 mg/kg. Se aplicaron cinco tratamientos de NanoSe en distintas etapas de crecimiento: (T1) en la etapa inicial de panícula, (T2) en la etapa de espigado, (T3) en la etapa de llenado de granos, (T1+2) en ambas etapas de panícula inicial y espigado, y (T1+3) en ambas etapas de panícula inicial y llenado de granos. Se mantuvo un grupo de control (CK) sin ninguna aplicación de Se. Los resultados mostraron que, en comparación con CK, los tratamientos T1+2 y T1+3 redujeron significativamente el contenido de Cd en los granos. Todos los tratamientos de NanoSe aumentaron el contenido de Se en los granos. El número de granos por panícula, el peso de 1000 granos y el rendimiento de granos aumentaron significativamente debido a la aplicación de NanoSe bajo contaminación por Cd. El mayor rendimiento se registró en los tratamientos T3 y T1+3. En comparación con CK, todos los tratamientos de NanoSe aumentaron el contenido de 2-acetil-1-pirrolina (2-AP) y afectaron el contenido de ácido pirrolina-5-carboxílico y 1-pirrolina, que son los precursores en la biosíntesis de 2-AP. En conclusión, la aplicación foliar de NanoSe redujo significativamente el contenido de Cd, aumentó el contenido de Se y mejoró el rendimiento de granos y el contenido de 2-AP del arroz aromático. La mejor enmienda fue aplicar NanoSe en ambas etapas de panícula inicial y llenado de granos.