Un total de 252 pollos Ross de un día de edad fueron asignados aleatoriamente a uno de seis tratamientos en un arreglo factorial 2 x 3 con desafíos respectivos (no infección e infección) y tres dietas diferentes de selenio (Se). Los tratamientos dietéticos fueron los siguientes: (1) control sin suplementación de Se (CON), (2) tratamiento de Se inorgánico (SS; 0.3 mg/kg como selenito de sodio) y (3) tratamiento de Se orgánico (SY; 0.3 mg/kg como levadura selenizada). Se asignaron seis jaulas replicadas por tratamiento. Los pollos en los respectivos grupos de infección fueron infectados con una mezcla de ooquistes (15,000 ooquistes/pollo) en el día 16. El rendimiento de crecimiento se midió en los días 16, 22 y 24. En el día 22, se recolectaron muestras intestinales de pollos seleccionados al azar para evaluar las puntuaciones de lesiones intestinales, las enzimas antioxidantes y la expresión de genes de uniones estrechas. Se recolectaron muestras de sangre, pechuga e hígado para analizar las concentraciones de Se en el día 24. La suplementación dietética con SY mejoró (p < 0.05) el rendimiento de crecimiento de los pollos independientemente del desafío. Además, independientemente de la infección, la suplementación con Se elevó (p < 0.05) la expresión de la heme oxigenasa 1 (HMOX-1) en la mucosa yeyunal a los 6 días post-infección (dpi). La expresión de la molécula de adhesión de unión duodenal 2 (JAM-2) y la ocludina yeyunal (OCLN) se elevaron (p < 0.05) con la suplementación dietética de SY a los 6 dpi. Entre las fuentes de Se, los pollos de engorde alimentados con la dieta SY mostraron concentraciones más altas (p < 0.05) de Se en el músculo de la pechuga y suero a los 8 dpi. Estos resultados confirmaron los efectos beneficiosos del Se dietético y la eficiencia del Se orgánico en comparación con el Se inorgánico para la mejora del crecimiento y el enriquecimiento de Se en el músculo de los pollos de engorde, independientemente de la infección por coccidiosis.