Selección y validación de genes de referencia para PCR cuantitativa en tiempo real
Autores: Jiang, Jutang; Mu, Changhong; Bai, Yucong; Cheng, Wenlong; Geng, Ruiman; Xu, Junlei; Dou, Yuping; Cheng, Zhanchao; Gao, Jian
Idioma: Inglés
Editor: MDPI
Año: 2024
Acceso abierto
Artículo científico
2024
Selección y validación de genes de referencia para PCR cuantitativa en tiempo real
Categoría
Ciencias Agrícolas y Biológicas
Subcategoría
Botánica
Palabras clave
Especies de bambú simpodiales
Capacidad regenerativa
Genoma
Genes de referencia
QRT-PCR
Expresión génica
Licencia
CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual
Consultas: 16
Citaciones: Sin citaciones
(Munro) Kurz es una especie de bambú simpodial con una amplia distribución en regiones tropicales y subtropicales. Debido a su notable capacidad regenerativa y sabor excepcional, esta especie desempeña un papel fundamental en el fortalecimiento de las economías de numerosas naciones en estas regiones. Recientemente publicamos un genoma de alta calidad de esta especie. Hasta la fecha, ningún estudio ha identificado los genes de referencia óptimos para la normalización de la reacción en cadena de la polimerasa en tiempo real cuantitativa (qRT-PCR) en . La qRT-PCR ofrece un enfoque altamente preciso y efectivo para analizar la expresión génica. Sin embargo, la precisión de los datos cuantitativos resultantes depende de la elección correcta de los genes de referencia. Se identificaron veintiún genes de referencia potenciales a partir de los transcriptomas. Su expresión en 23 muestras, incluyendo 8 órganos de tejido diferentes y 15 muestras bajo diversas condiciones de tratamiento, se evaluó a través de qRT-PCR. Posteriormente, se emplearon cuatro programas de software -Delta CT, geNorm, NormFinder y RefFinder- para comparar su estabilidad de expresión. Los resultados revelaron que la selección de genes de referencia óptimos variaba según el órgano y la condición particular que se examinaba. consistentemente exhibe la expresión más estable en diversos tejidos, mientras que , , y fueron los genes de referencia más consistentes en raíces, cañas y hojas bajo varios tratamientos, respectivamente. En este estudio, identificamos y caracterizamos genes internos apropiados utilizados para calibrar los análisis de qRT-PCR de en diferentes órganos de tejido y bajo varios tratamientos. Esta investigación proporcionará información clave para avanzar en el estudio de la funcionalidad génica y la biología molecular en y especies relacionadas.
Descripción
(Munro) Kurz es una especie de bambú simpodial con una amplia distribución en regiones tropicales y subtropicales. Debido a su notable capacidad regenerativa y sabor excepcional, esta especie desempeña un papel fundamental en el fortalecimiento de las economías de numerosas naciones en estas regiones. Recientemente publicamos un genoma de alta calidad de esta especie. Hasta la fecha, ningún estudio ha identificado los genes de referencia óptimos para la normalización de la reacción en cadena de la polimerasa en tiempo real cuantitativa (qRT-PCR) en . La qRT-PCR ofrece un enfoque altamente preciso y efectivo para analizar la expresión génica. Sin embargo, la precisión de los datos cuantitativos resultantes depende de la elección correcta de los genes de referencia. Se identificaron veintiún genes de referencia potenciales a partir de los transcriptomas. Su expresión en 23 muestras, incluyendo 8 órganos de tejido diferentes y 15 muestras bajo diversas condiciones de tratamiento, se evaluó a través de qRT-PCR. Posteriormente, se emplearon cuatro programas de software -Delta CT, geNorm, NormFinder y RefFinder- para comparar su estabilidad de expresión. Los resultados revelaron que la selección de genes de referencia óptimos variaba según el órgano y la condición particular que se examinaba. consistentemente exhibe la expresión más estable en diversos tejidos, mientras que , , y fueron los genes de referencia más consistentes en raíces, cañas y hojas bajo varios tratamientos, respectivamente. En este estudio, identificamos y caracterizamos genes internos apropiados utilizados para calibrar los análisis de qRT-PCR de en diferentes órganos de tejido y bajo varios tratamientos. Esta investigación proporcionará información clave para avanzar en el estudio de la funcionalidad génica y la biología molecular en y especies relacionadas.