La elección de genes de referencia apropiados es esencial para interpretar correctamente los datos y resultados de qPCR. Sin embargo, la mayoría de los estudios en animales utilizan un solo gen de referencia sin ninguna evaluación previa. Por lo tanto, muchos resultados de qPCR de estudios en roedores pueden ser engañosos, afectando no solo la reproducibilidad sino también la traducibilidad. En este estudio, se evaluó la estabilidad de expresión de genes de referencia para mRNA y miRNA en muestras FFPE archivadas de 117 ratones C57BL/6JOlaHsd (machos y hembras) de 9 experimentos de colitis (sulfato de dextrano; DSS) y se realizó su análisis de expresión. Además, investigamos si la normalización redujo/neutalizó la influencia de factores inter/intra-experimentales que incluimos sistemáticamente en el estudio. Se utilizaron dos algoritmos estadísticos (NormFinder y Bestkeeper) para determinar la estabilidad de los genes de referencia. Se realizó un análisis multivariado para evaluar la influencia de la normalización con diferentes genes de referencia en la expresión del gen objetivo en relación con los factores inter/intra-experimentales. Los resultados muestran que las muestras FFPE archivadas son una fuente confiable de RNA y implican que el procedimiento FFPE no cambia el orden de estabilidad de los genes de referencia obtenidos en tejidos frescos. El análisis multivariado mostró que la imagen histológica es un factor importante que afecta los niveles de expresión de los genes objetivo.