La pudrición de raíces por Phytophthora (PRR) en garbanzo es una enfermedad importante. La resistencia parcial a PRR proviene de . En este estudio, evaluamos si las líneas con bajos niveles de síntomas foliares de PRR en dos poblaciones contrastantes de líneas recombinantes endogámicas (RIL) parentadas por cultivares de garbanzo (Yorker y Rupali) y 04067-81-2-1-1 (línea de cruce interespecífica) tenían un arrastre significativo en los parámetros de rendimiento. Para la población Yorker x 04067-81-2-1-1 con el nivel más alto de resistencia a PRR, en ausencia de PRR, las RIL con bajos síntomas foliares tuvieron una floración y formación de vainas significativamente más tardías, rendimientos de grano más bajos, semillas más ligeras y fenotipos de plantas más cortas que las RIL con altos síntomas foliares. Un análisis de locus de rasgos cuantitativos identificó QTL significativos para la floración, altura, peso de 100 semillas y rendimiento, y hubo una frecuencia significativamente mayor de alelos para los rasgos agronómicos negativos (es decir, arrastre) del padre 04067-81-2-1-1 en las RIL con bajos síntomas foliares que en las RIL con altos síntomas foliares. Para la población Rupali x 04067-81-2-1-1 con niveles más bajos de resistencia a PRR, en ausencia de PRR, las RIL con bajos síntomas foliares tuvieron semillas significativamente más ligeras y plantas más cortas que las RIL con altos síntomas foliares. Se detectaron QTL significativos, la mayoría eran para el momento de la floración y formación de vainas (n = 18), otros eran para la altura de la planta, rendimiento y peso de 100 semillas. Para esta segunda población, la frecuencia de alelos para los rasgos agronómicos negativos del padre 04067-81-2-1-1 no difería entre las RIL con bajos y altos síntomas foliares. El peso de 100 semillas de RIL bajo presión moderada de enfermedad PRR mostró cierta promesa como un rasgo componente de rendimiento para identificar fenotipos con altos niveles de resistencia a PRR y potencial de rendimiento de grano para futuras evaluaciones del número de semillas. Identificamos que se requieren tamaños de población grandes para permitir la selección entre cruces de garbanzo para altos niveles de resistencia a PRR sin un arrastre significativo en el rendimiento.