Los productos de lino (L.) se utilizan en la industria alimentaria, farmacéutica, textil, de polímeros, médica y en otras industrias. La creación de un pan-genoma será un avance importante en la investigación y mejora del lino. La selección de genotipos de lino que cubran suficientemente la diversidad de especies es un paso crucial para el estudio pan-genómico. Para este propósito, hemos adaptado un método basado en la secuenciación Illumina de bibliotecas de transcriptomas preparadas utilizando la transposasa Tn5 (tagmentasa). Este enfoque reduce el costo de preparación de muestras en comparación con kits comerciales y permite la generación de un gran número de bibliotecas de cDNA en poco tiempo. Se obtuvieron datos de RNA-seq para 192 plantas de lino (3-6 plantas individuales de 44 accesiones de lino de diferente morfología y origen geográfico). La evaluación de la relación genética entre las plantas de lino basada en los datos de secuenciación reveló una identificación incorrecta de especies para cinco accesiones. Por lo tanto, estas accesiones fueron excluidas del conjunto de muestras para el estudio pan-genómico. Para las muestras restantes, se seleccionaron genotipos típicos para proporcionar la diversidad genética más completa de lino para la construcción del pan-genoma. Así, la secuenciación de alto rendimiento de bibliotecas de transcriptomas basadas en tagmentación mostró una alta eficiencia en la evaluación de la relación genética de las muestras de lino y nos permitió seleccionar genotipos para el análisis pan-genómico del lino.