Selección Genómica para el Peso Vivo en el 14º Mes en Ovejas Merino Alpinas Combinando Información de GWAS
Autores: Li, Chenglan; Li, Jianye; Wang, Haifeng; Zhang, Rui; An, Xuejiao; Yuan, Chao; Guo, Tingting; Yue, Yaojing
Idioma: Inglés
Editor: MDPI
Año: 2023
Acceso abierto
Artículo científico
2023
Selección Genómica para el Peso Vivo en el 14º Mes en Ovejas Merino Alpinas Combinando Información de GWAS
Categoría
Ciencias Agrícolas y Biológicas
Subcategoría
Zootecnia
Palabras clave
Ovejas merinas alpinas
Genes
Análisis de gwas
Valor de cría
Selección genómica
Genes candidatos
Licencia
CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual
Consultas: 9
Citaciones: Sin citaciones
Las ovejas Merino Alpinas son una raza novedosa criada a partir de ovejas Merino australianas como padre y ovejas de lana fina de Gansu como madre, que viven todo el año en áreas alpinas frías y áridas con una calidad de lana y rendimiento de carne excepcionales. El peso corporal es un rasgo económico importante de las ovejas Merino Alpinas, pero hay una investigación limitada sobre la identificación de los genes asociados con el peso vivo en el 14º mes para mejorar la precisión de la predicción genómica de este rasgo. Por lo tanto, la muestra de este estudio comprendió 1310 ovejas Merino Alpinas, y se utilizó el panel de 50K de ovejas de lana fina para el análisis de asociación del genoma completo (GWAS) para identificar genes candidatos. Además, la población de ensayo (1310 ovejas) en este estudio se dividió aleatoriamente en dos grupos. Un grupo se utilizó como población para el análisis GWAS y se seleccionaron los SNP más significativos del 5%, 10%, 15% y 20% superiores para obtener información previa sobre marcadores. El otro grupo se utilizó para estimar los parámetros genéticos basados en el peso asignado por la heredabilidad combinada con diferente información previa de marcadores. El objetivo de este estudio fue comparar la precisión de la estimación del valor de cría genómico cuando se combina con la información previa de marcadores del análisis GWAS con el método de predicción lineal no sesgada óptimo para la selección del genoma (GBLUP) para el valor de cría de rasgos objetivo. Finalmente, la precisión se evaluó utilizando el método de validación cruzada de cinco pliegues. Esta investigación proporciona apoyo teórico y técnico para mejorar la precisión de la selección del genoma ovino y guiar mejor la cría. Los resultados demostraron que ocho genes candidatos estaban asociados con el análisis GWAS, y los resultados de la consulta de función génica y búsqueda en la literatura sugirieron que, , , , , , , y eran genes candidatos que afectan el peso vivo en el 14º mes (WT), que regulaban el crecimiento de músculo y hueso en las ovejas. En el análisis de selección del genoma, la heredabilidad de GBLUP para calcular el WT fue de 0.335-0.374, la precisión después de la verificación cruzada de cinco pliegues fue de 0.154-0.190, y después de asignar diferentes pesos a los resultados del GWAS del 5%, 10%, 15% y 20% superiores de acuerdo con la información previa para construir la matriz G, la precisión del WT en el modelo GBLUP mejoró en un 2.59-7.79%.
Descripción
Las ovejas Merino Alpinas son una raza novedosa criada a partir de ovejas Merino australianas como padre y ovejas de lana fina de Gansu como madre, que viven todo el año en áreas alpinas frías y áridas con una calidad de lana y rendimiento de carne excepcionales. El peso corporal es un rasgo económico importante de las ovejas Merino Alpinas, pero hay una investigación limitada sobre la identificación de los genes asociados con el peso vivo en el 14º mes para mejorar la precisión de la predicción genómica de este rasgo. Por lo tanto, la muestra de este estudio comprendió 1310 ovejas Merino Alpinas, y se utilizó el panel de 50K de ovejas de lana fina para el análisis de asociación del genoma completo (GWAS) para identificar genes candidatos. Además, la población de ensayo (1310 ovejas) en este estudio se dividió aleatoriamente en dos grupos. Un grupo se utilizó como población para el análisis GWAS y se seleccionaron los SNP más significativos del 5%, 10%, 15% y 20% superiores para obtener información previa sobre marcadores. El otro grupo se utilizó para estimar los parámetros genéticos basados en el peso asignado por la heredabilidad combinada con diferente información previa de marcadores. El objetivo de este estudio fue comparar la precisión de la estimación del valor de cría genómico cuando se combina con la información previa de marcadores del análisis GWAS con el método de predicción lineal no sesgada óptimo para la selección del genoma (GBLUP) para el valor de cría de rasgos objetivo. Finalmente, la precisión se evaluó utilizando el método de validación cruzada de cinco pliegues. Esta investigación proporciona apoyo teórico y técnico para mejorar la precisión de la selección del genoma ovino y guiar mejor la cría. Los resultados demostraron que ocho genes candidatos estaban asociados con el análisis GWAS, y los resultados de la consulta de función génica y búsqueda en la literatura sugirieron que, , , , , , , y eran genes candidatos que afectan el peso vivo en el 14º mes (WT), que regulaban el crecimiento de músculo y hueso en las ovejas. En el análisis de selección del genoma, la heredabilidad de GBLUP para calcular el WT fue de 0.335-0.374, la precisión después de la verificación cruzada de cinco pliegues fue de 0.154-0.190, y después de asignar diferentes pesos a los resultados del GWAS del 5%, 10%, 15% y 20% superiores de acuerdo con la información previa para construir la matriz G, la precisión del WT en el modelo GBLUP mejoró en un 2.59-7.79%.