Los genes de fosforilación oxidativa mitocondrial (OXPHOS) son un sistema sujeto a selección bajo restricciones ambientales determinadas, a pesar de un modelo de evolución neutral que se ha hipotetizado durante mucho tiempo para el genoma mitocondrial. En este estudio, se analizaron las secuencias de los genes OXPHOS en seis poblaciones del pez killifish eurytermal y euryhalino, para detectar mutaciones no sinónimas que conducen a cambios en los aminoácidos y para verificar si la selección actuó sobre ellas utilizando pruebas de recombinación y selección. Los resultados indican una alta diversidad de genes y un alto porcentaje de haplotipos privados en todas las poblaciones. En la población griega, se observaron sustituciones nucleotídicas no sinónimas en la región N-terminal de ciertos genes. También se encontraron sitios seleccionados positivamente. La información que obtuvimos de las secuencias de ADN mitocondrial contribuye a los datos crecientes sobre la presión selectiva que actúa sobre el ADN mitocondrial en especies no modelo. Estos resultados deben ser explorados desde la perspectiva de la adaptación local de especies eurytermales y euryhalinas y respaldados con evidencia experimental para comprender mejor la interacción entre eventos climáticos históricos y la adaptación local, y cómo cada uno de ellos contribuye a dar forma a la estructura genética de esta especie.