A medida que los estudios avanzan hacia una caracterización más profunda del impacto de la selección a través de mutaciones no neutrales en la genética de poblaciones de genomas completos, la modelización de la selección se vuelve crucial. Además, la epistasis ha sido reconocida durante mucho tiempo como un componente significativo para comprender la evolución de sistemas genéticos complejos. Presentamos un modelo de coalescencia inversa, EpiSimRA, que permite la selección de múltiples loci, con epistasis de múltiples vías para cualquier . Partiendo de poblaciones existentes arbitrarias con sitios epistáticos, trazamos el Gráfico de Recombinación Ancestral (ARG), muestreando eventos relevantes de recombinación y coalescencia. Nuestro marco permite estudiar diferentes escenarios evolutivos complejos en presencia de barridos selectivos, selección positiva y negativa con epistasis de múltiples vías. También presentamos un contraparte hacia adelante del modelo de coalescencia basado en un proceso Wright-Fisher (WF), que utilizamos como un marco de validación, comparando las características distintivas del ARG entre los dos. Proporcionamos el primer marco que permite una comparación directa de la epistasis de múltiples vías en un simulador de coalescencia con su contraparte hacia adelante con respecto a las características distintivas del ARG. Demostramos, a través de experimentos extensos, que EpiSimRA es consistentemente superior en términos de rendimiento (segundos vs. horas) en comparación con el modelo hacia adelante sin comprometer su precisión.