Basado en nuestros resultados del análisis de asociación a nivel genómico, realizamos la anotación de ontología genética (GO) y el análisis de enriquecimiento de vías de la Enciclopedia de Genes y Genomas de Kyoto (KEGG); se seleccionaron tres genes candidatos en este estudio para el análisis de asociación de SNPs con rasgos de producción en 999 bovinos Holstein. En esta investigación, se utilizó la genotipificación por espectrometría de masas de vuelo para detectar el polimorfismo de los asientos de SNP. Se mostró que se detectaron cuatro, cuatro y dos loci de polimorfismos de un solo nucleótido (SNP) para los genes, respectivamente, y los diferentes genotipos de estos 10 SNPs afectaron significativamente el rendimiento de producción de leche de los bovinos Holstein chinos en términos de rendimiento de leche, porcentaje de grasa en la leche, porcentaje de proteína en la leche, puntuación de células somáticas y contenido de nitrógeno ureico. Entre ellos, el locus -G.80952G > T, el locus -G.120017G > A y el locus -G.2294G > C tuvieron efectos significativos en la puntuación de células somáticas (< 0.01). Las vacas con genotipos GG en el locus -G.80952G > T, genotipos AA y GG en el locus -G.120017G > A, y genotipos GG en el locus -G.2294G > C tuvieron puntuaciones de células somáticas más bajas. El presente estudio elucidó que, y podrían ser seleccionados para la selección asistida por marcadores y beneficiarán la futura cría molecular precisa.