Determinar los patrones de movimiento a pequeña escala de los vertebrados marinos generalmente requiere etiquetado acústico activo invasivo o monitoreo en el agua, con los impactos conductuales inherentes a esas técnicas. Además, estas técnicas rara vez permiten evaluaciones conductuales continuas directas o el registro de interacciones ambientales, especialmente para especies altamente móviles. Aquí, probamos un método novedoso para evaluar los patrones de movimiento a pequeña escala de los vertebrados marinos utilizando un vehículo aéreo no tripulado que podría complementar enfoques de seguimiento a largo plazo. Este enfoque es poco probable que tenga impactos conductuales y proporciona datos de ubicación de alta precisión y alta frecuencia (10 Hz), permitiendo posteriormente un análisis cuantitativo de trayectorias. El seguimiento con vehículos aéreos no tripulados también es relativamente de bajo costo en comparación con etiquetas acústicas y GPS de un solo uso. Seguimos a 14 tiburones durante hasta 10 minutos en una laguna poco profunda de Heron Island, Australia. El análisis de trayectorias reveló que los tiburones Epaulette (Hemiscyllium ocellatum) mostraron patrones de movimiento sinusoidales, mientras que los tiburones de arrecife Blacktip (Carcharhinus melanopterus) tenían trayectorias más lineales que eran similares a las de un tiburón limón (Negaprion acutidens). Los patrones de trayectoria y las velocidades de movimiento de los tiburones individuales fueron altamente variables. Los resultados indican que los tiburones Epaulette pueden ser más móviles durante las mareas bajas diurnas de lo que se pensaba anteriormente. El enfoque presentado aquí permite analizar los movimientos y comportamientos de los vertebrados marinos a resoluciones que no eran posibles anteriormente sin arreglos acústicos complejos y costosos. Este método sería útil para evaluar el uso del hábitat y los comportamientos de tiburones y rayas en entornos de aguas poco profundas, donde es más probable que interactúen con los humanos.